فترة حكم جماعة الإخوان الإرهابية في مصر، رغم قصرها، ارتبطت بسجل حافل من العنف السياسي والانتهاكات الجسيمة لحقوق الإنسان، اتسمت باستخدام القوة المفرطة من قبل مؤيديها ضد المتظاهرين السلميين، والتحريض على الكراهية، وإنشاء هياكل شبه عسكرية.

تبلور إرهاب الجماعة فى بعض التنظيمات التى ينتمى أفرادها إلى جماعة الإخوان، مثل: لواء الثورة (أحد أذرع جماعة الإخوان التى شكلها القيادى الاخوانى محمد كمال تحت اسم الحركات النوعية، ويعتمد التنظيم على استراتيجية “الذئاب المنفردة”، أى أنها تعتمد على تكوين مجموعات مكونة من 5 أفراد يقومون بالعمليات الإرهابية المختلفة دون الرجوع للحركة الأم، أو تلقى تعليمات من قيادات أكبر، شريطة أن يكون أفراد المجموعة غير متورطين فى عمل إرهابى من قبل).

حسم (تنظيم إرهابى مسلح، يركز هجماته على رجال الشرطة والقضاء، ويرفع شعار “بسواعدنا نحمى ثورتنا”. ظهرت الحركة فى مصر فى يناير 2014، ونشرت الحركة بيانها الأول والذى وصفت فيه نفسها “أنها حركة ثورية شبابية تضم مختلف التيارات السياسية الشبابية والتى تهدف إلى استعادة روح ثورة يناير وكسر الانقلاب، وأنها ترحب بانضمام مختلف الأطياف السياسية وتدعو للثورة فى 25 يناير 2014”، وتوصف الحركة بأنها تابعة لجماعة الإخوان المسلمين.)

تأسيس عناصر الجماعة لحركة “مولوتوف” فى ‏فبراير 2014، وأعلنت عن إنشاء جناح عسكرى لها مخصص ‏لاستهداف رجال الدولة من الإعلاميين والقضاة ‏وقيادات الداخلية والجيش والحكومة ‏ورجال الأعمال، كما أسست حركة “إعدام” التى استهدفت ضباط الشرطة وحرق ‏سياراتهم، وحركة العقاب الثورى التى نفذت عملية تفجير بالقرب من مديرية أمن الفيوم وتفجير أبراج الكهرباء بمدينة الإنتاج الإعلامى.

بالإضافة إلى تأسيس “كتائب أنصار الشريعة بأرض ‏الكنانة” التى ضمت عدداً من ‏قيادات الإخوان الهاربة من سجن وادى النطرون عام ‏‏2011، وقام بتجنيد الشباب، وإرسالهم إلى سوريا‎ ‎وكانت عناصره مسؤولة عن ‏كثير عن استشهاد عدد من ضباط وأمناء الشرطة.

وكذلك حركة “يولو بلوك ربعاوى”، الذى أشعل النيران داخل مبنى إدارة التعبئة والتجنيد، ‏ومنتزه حلمية الزيتون، التابعين ‏للقوات المسلحة، ونفذ سلسلة من التفجيرات، أمام مديرية أمن ‏القاهرة، وأمام محطة مترو البحوث ‏بالدقى، وفى محيط قسم شرطة الطالبية بالهرم، ‏بالإضافة إلى استهداف دورية أمنية فى شارع ‏الهرم، وكذلك أولتراس بنات ثورية” الذى مارس عمليات تخريب داخل الحرم ‏الجامعى بجامعة الأزهر.